该组织最初由一系列的叛乱团体组成和支持，2004年初改名“统一圣战组织”（Jamāʻat al-Tawḥīd wa-al-Jihād，The Organization of Monotheism and Jihad，JTJ），此前还曾使用过多个不同的名称[85]。
2004年10月，统一圣战组织时任领导人阿布·穆萨布·扎卡维宣布效忠奥萨马·本·拉登，随后该组织改名为“两河国家盖达组织”（Tanẓīm Qāʻidat al-Jihād fī Bilād al-Rāfidayn（QJTR），"The Organization of Jihad's Base in the Country of the Two Rivers"（TQJBR））[86]，通常被称为“伊拉克基地组织”（"Al-Qaeda in Iraq"（AQI））。尽管该组织从未自称“伊拉克盖达组织”，但外界广泛地使用这个名字用来称呼它，还有它的各种化名与化身[87]。
2006年1月，伊拉克盖达组织与几个较小的伊拉克叛乱组织合并形成伞式组织“圣战者协商委员会”（"Mujahideen Shura Council"）。这种改名不过是一次宣传手段，可能是为了与制造2005年安曼爆炸案等战略错误做切割[88]。2006年6月7日扎卡维遭到美军空袭炸死，穆哈吉尔继任为该组织领导人。
伊拉克伊斯兰国
2006年10月12日，圣战者协商委员会与Jaysh al-Fatiheen、Jund al-Sahaba、统一圣行拥护者、胜利军（英语：Jeish al-Taiifa al-Mansoura）等4个叛乱组织和一些伊拉克部落的代表联合，同时宣誓遵守阿拉伯传统Ḥilf al-Muṭayyabīn（香气者的誓言）[注 2][89][90]。他们在仪式上宣誓将从什叶派穆斯林和外国势力的压迫下解放伊拉克的逊尼派，以真主的名义，恢复伊斯兰的荣耀[注 3][89]”。次日“伊拉克伊斯兰国”（Dawlat al-ʻIraq al-Islāmīyah，"Islamic State of Iraq"（ISI））宣告成立。设立了内阁，阿布·阿卜杜拉·拉希德·巴格达迪成为挂名埃米尔，实际权力由埃及人穆哈吉尔把持[91]。建国宣言不仅受到了伊拉克圣战者中的对手们的恶意抨击，也受到了国外主要圣战主义者的反对[92]。
2010年4月18日，穆哈吉尔和拉希德·巴格达迪在萨拉赫丁省首府提克里特附近被美国和伊拉克联军击毙。
一位前任海珊部队的将领，拥立了阿布·贝克尔·巴格达迪为该组织的领导人[93]。
2011年，当时还隶属于盖达组织的“伊拉克伊斯兰国”武装分子通过伊叙边境进入叙利亚，又在叙利亚组建了一个名为“努斯拉阵线”的激进组织。
“伊斯兰国”发布的领土远景图[94] 2014年，伊斯兰国发布了一份地图，认为它应该在这些地区（黑色区域）占据主导地位。
伊拉克和沙姆伊斯兰国
2013年4月，巴格达迪单方面宣布将“伊拉克伊斯兰国”和“努斯拉阵线”合并成一个组织“伊拉克和沙姆伊斯兰国”（阿拉伯语：الدولة الاسلامية في العراق والشام ad-Dawlat al-Islāmiyya fī’l-‘Irāq wa’sh-Shām"，Islamic State in Iraq and al-Sham"，简称ISIS），又译“伊拉克和黎凡特伊斯兰国”（"Islamic State in Iraq and the Levant"，简称ISIL）[95][96]。两种不同的译名产生是由于对于叙利亚及周边地区，阿拉伯人使用“Shām”（或Shaam，译为沙姆地区），而欧美对相近的地理概念惯用“黎凡特”一词。不过在叙利亚的原“努斯拉阵线”成员不同意巴格达迪单方面宣布“合并”的决定，两者最终决裂。
2014年2月，在历经了8个月的权力争斗之后，盖达组织宣布“伊拉克和沙姆伊斯兰国”过于极端、残忍、野蛮，而切断了与它的所有联系。宾·拉登的高级幕僚曾在21页信函中，谴责该组织的恶行：包括多次炸毁清真寺、违背《古兰经》教义展开血腥种族清洗、使用氯气进行毒杀、在巴格达的天主教堂里屠杀信徒，盖达组织应与其划清界限，以免形象被拖累[97][98][99]，故该组织已不被盖达组织所承认[100]。不过在欧巴马向伊拉克猛增军事行动之后，伊斯兰国与伊拉克的盖达组织又开始合作对抗美军[101]。
伊斯兰国
2014年6月29日，巴格达迪宣布将“伊拉克和沙姆”字样舍去，直称“伊斯兰国”（The Islamic State，简称：IS），巴格达迪恢复本名“易卜拉欣”，自称哈里发[102][103]。阿拉伯世界各国政府和反对该组织的人，用阿拉伯语的缩写Daʿesh（داعش，中文音译为“达伊沙”[104][105]）称呼该组织，取其阿拉伯名的首个字母Dāl, ʾAlif, ʿAyn, Šīn组成[106]。该组织视这名称为侮辱，因为名称中没有“伊斯兰”一词[107]。有摩苏尔居民说，武装分子警告他们不可使用这个名称，否则会割去他们的舌头[108]。
与伊斯兰国作战的国家和地区 联合特遣队－坚决行动 其他国家 伊斯兰国控制的领土（2015年）
负责“伊斯兰国”在叙利亚占领区军事活动的指挥官叫阿布·阿里·安巴里，年过50岁的安巴里出生于伊拉克摩苏尔的北部地区，在萨达姆统治时期，他曾获共和国卫队的少将军衔，属于萨达姆的高级将领。后来和巴格达迪走到了一起。负责“伊斯兰国”在伊拉克占领区军事活动的指挥官为阿布·穆斯利姆·图尔克马尼，图尔克马尼又名哈吉卜·穆塔兹，曾是伊拉克军方核心情报部门的一名中校，也曾在萨达姆总统的特种部队任职。还有一名来自车臣的军事总指挥官阿布·奥马尔·舒斯哈尼（舒斯哈尼在阿拉伯语中是“车臣”的意思），他的真正名字叫巴提拉什维利（Tarkhan Tayumurazovich Batirashvili）。1986年出生在苏联高加索地区潘基斯峡谷的一个村庄里（现属格鲁吉亚）。2013年成为“伊拉克和黎凡特伊斯兰国”成员，以作战凶悍著称，并频繁出现在该组织发布的照片和视频中。巴格达迪除上述三位得力“臂膀”，“伊斯兰国”内阁还明确设置各部“部长”和各省“省长”[109]。
2014年12月18日，美国五角大楼发言人宣布消息，证实11月在对伊拉克的一次空袭中打死“伊斯兰国”组织的3名头目，其中包括第2号人物阿布·穆斯利姆·图尔克马尼，占领摩苏尔的“伊斯兰国”组织司令拉德万·塔利布·侯赛因·哈姆杜尼（Radwan Taleb al-Hamdouni），以及该组织在伊拉克的军事行动负责人阿卜杜勒·巴西特。
2015年3月7日，在尼日利亚造成严重安全威胁的博科圣地组织表示效忠伊斯兰国。
2015年1月，巴格达迪称塔利班领袖穆罕默德·奥马尔是“傻瓜和无知的军阀”。4月塔利班亦以“穆民的长官”穆罕默德·奥马尔的名义发布教令，称巴格达迪是“伪哈里发”，又声称“伊斯兰国”组织的一系列行为违反了伊斯兰教法，将其定为非法组织[110][111]。伊斯兰国向阿富汗境内渗透，与塔利班发生武装冲突[112][113]。
2017后随著俄罗斯在叙利亚内战的军事介入与伊朗代表的泛什叶派力量大举攻入伊拉克和叙利亚战场，伊斯兰国大举溃败，摩苏尔与拉卡两座大城市先后被攻陷，有形的IS领土几乎消灭。
2019年3月23日，伊斯兰国最后据点被叙利亚民主力量攻占，叙利亚民主力量同时宣布伊斯兰国组织完全瓦解，正式灭亡；但原伊斯兰国领导人巴格达迪行踪成谜。[80]
2019年4月21日，斯里兰卡共发生8起爆炸案，分布于首都科伦坡、附近的尼甘布以及东部拜蒂克洛，涉及3个教堂及4家酒店。23日，“伊斯兰国”宣称对爆炸案负责。[114]
2019年4月29日，伊斯兰国领导人巴格达迪在伊斯兰国组织丧失所有据点后首次公开露面现身。[115]
2019年5月11日，伊斯兰国宣传机构“阿玛克通讯社”（Amaq News Agency）在印度安全部队于争议的克什米尔（Kashmir）地区跟激进分子爆发冲突后，宣称该组织在印度建立名为“印度省”（Wilayah of Hind）的新省分[116]。
2019年10月27日，美国总统唐纳德·川普宣布伊斯兰国领导人巴格达迪已在美军于叙利亚伊德利卜（Idlib）地区所发起的一次突袭行动中丧生[117]。同日稍晚，该组织发言人阿布-哈桑·阿勒穆哈加亦在杰拉布卢斯（Jarablus）附近被击毙[118]。
2020年3月9日，获得连任的阿富汗总统甘尼在首都喀布尔总统府宣誓就职，数百观礼宾客于现场突然听到两声巨大爆炸，部分宾客拔腿就跑，所幸未传出伤亡。伊斯兰国随即发表声明，宣称爆炸是他们所为[119]。
2021年10月11日，伊拉克政府逮捕伊斯兰国负责金融活动的高级领导人兼巴格达迪的副手萨米·贾西姆[120]。
2022年1月20日，伊斯兰国成员对叙利亚哈塞克省一座监狱发动袭击，准备协助伊斯兰国成员越狱。当日袭击造成18名叙利亚民主军士兵和监狱看守丧生，至少16名伊斯兰国成员被击毙。[121]截至1月23日，双方交战导致至少123人死亡，其中77人为伊斯兰国成员。[122]
2022年2月3日，第二任哈里发阿布·易卜拉欣·哈希米·库雷希在美军突袭行动中引爆炸弹自尽[123]。